In de opstand tegen Spanje hadden de Noordelijke Nederlanden behoefte aan een tegenhanger van de katholieke universiteit van Leuven. Zes jaar na de stichting van de nieuwe universiteit werd deze voormalige kapel van de Witte Nonnen in gebruik genomen door de piepjonge universiteit. Het gebouw werd grondig verbouwd: beneden kwam het Groot Auditorium voor theologiecolleges en via de ‘Gradus ad Parnassum’ in de nieuwe traptoren was het Klein Auditorium voor rechten en geneeskunde te bereiken. Op de verdieping zijn verder de pedelkamer, de senaatskamer en het ‘zweetkamertje’, waar men met angst en beven wachtte op de uitslag van het examen. Tussen de handtekeningen van afgestudeerden en beroemdheden staat boven de deur een tekst van Dante over de hel: ‘Laat alle hoop varen gij die binnengaat’. Deze tekst en de houtskooltekeningen zijn van de pionier van de 19e eeuwse Nederlandse monumentenzorg Victor de Stuers, die afbraak van het pand heeft voorkomen. Op het dak aan de Hortuszijde kwam rond het eerste eeuwfeest de toren met uurwerk en vergulde windvaan met Minerva, godin van de wijsheid, alsmede de eerste universitaire sterrenwacht ter wereld, totdat deze laatste in de 19e eeuw werd vervangen door de huidige Sterrewacht. Vlak voor de Tweede Wereldoorlog werden Rapenburg 67, 69 en 71 toegevoegd. Hier werden stijlvolle vertrekken ingericht als vergaderruimten voor het College van Bestuur en Curatoren.